aaa ディレクトリの中に以下ファイルがあったとして、

aaa/
  1.php
  2.js
  3.css

どのファイルがリクエストされてもダウンロードさせるには aaa ディレクトリの中に以下 .htacecss を置いておけばOK。

<FilesMatch "^.+$">
  SetHandler application/octet-stream
  Header set Content-Disposition attachment
</FilesMatch>