ツール → オプション → PHP タブクリックして左ペインから「PhpDoc」を選択、PhpDoc script: に phpdoc.bat までのパスを書く。独自にオプション指定したい場合もここに書く。
プロジェクト右クリック→プロパティ→左ペインの「PhpDoc」選択してドキュメント保存先ディレクトリとタイトルを記述。
最後にプロジェクト右クリック→ドキュメントの生成→PhpDoc 選択で作成される。
実行時に Could not open input file: \phpdoc.php ってエラーが出る場合は、phpdoc.bat を開いて phpdoc.php へのパスを書き換えればOK。
"%PHPBIN%" "%PHP_PEAR_BIN_DIR%\phpdoc.php" %* ↓ "%PHPBIN%" "C:\path\to\phpDocumentor2\bin\phpdoc.php" %*